法律分析：在毒品犯罪案件中，若被检察机关指控为犯罪，被告人可以通过以下方式驳斥指控：
1. 提供证明自己无罪的证据，如毒品并非自己所有或者自己并未涉及毒品交易等；
2. 质疑检察机关所提供的证据的合法性和真实性，如毒品的检测方法是否准确等；
3. 就检察机关所指控的犯罪行为提出辩护意见，如毒品是另一人放置在被告人的住所内等。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第四十九条：“被告人或其辩护人有权对公诉机关的指控和提供的证据提出质证或者异议”；
2.《中华人民共和国刑法》第三十七条：“对被控告的罪名，可以提出辩解，公诉机关必须举证，被告人有权质证和辩解”；
3.《中华人民共和国反毒品法》第十条：“在控告、检查、审判、执行毒品犯罪案件中，应当坚持证据裁判的原则，依法保护被告人的合法权益，防止冤假错案的发生”。
总结：被检察机关指控毒品犯罪后，被告人可以通过提供证据、质疑证据合法性和就犯罪行为提出辩护意见等方式来驳斥指控。同时，司法机关也应当依据证据裁判的原则，保障被告人的合法权益，防止冤假错案的发生。
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