法律分析：保险公司拒绝赔付先天性疾病确实存在，但是否合法需看保险合同约定和相关法律规定。先天性疾病不一定能被视为“重疾”，需要保险合同明确规定。若保险合同中未明确排除先天性疾病，且投保人已缴纳保费，则保险公司应该承担赔偿责任。
法律依据：
1.《保险法》第二十四条：保险合同订立后，保险人对于投保人提供的真实资料，有知悉权和核查义务。
2.《保险法》第五十一条：投保人提供虚假资料，保险公司有权解除保险合同，且不退还保费。
3.《医疗保险条例》第十条：医疗保险不承担先天性疾病的医疗费用。
4.《重大疾病保险条款范本》：先天性疾病不属于保险范畴的，应在保险合同中明确约定。
5.《民法典》第十条：合同应当遵循自愿、平等、诚实、信用、公平原则。
6.最高人民法院《关于审理保险合同纠纷案件适用法律若干问题的规定》第十三条：未经投保人同意，保险人不得对投保人提供的真实资料进行增加、删除、篡改等处理，否则保险人应当承担相应的法律责任。