不一样。1、农村合作医疗保险是限于农村户口的人参加的，而社保是城镇职工参加的，二者参保对象并不相同，一个人不能同时拥有你农村户口和城市户口。2、报销都是凭发票来的，只要在其中一处报销过了，到另一处就不同意再报销了。但一般来说社保的医保报销比例和总额度都比农村合作医疗高，所以首选都是用社保，剩余的部分如果参合地同意的话，还可以得到一些报销，不同意也没办法的。
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社保和农村合作医疗有什么区别
法律分析：1、参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民；2、保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇；3、报销比例不同：农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高；4、有无个人医保账户：农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第四条 中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。