国有企业合并程序有：
1、参与合并的国有企业应当在合并前向政府主管部门提交书面报告，并报主管财政机关备案，涉及相关财务事项的，应当报主管财政机关批准；
2、合并报告经批准后，通过产权交易市场或直接谈判，寻找潜在合作伙伴，讨论合并相关事宜；
3、经批准合并的国有企业应当对其固定资产、流动资产、无形资产、长期投资等资产进行全面检查登记，对各种资产损失和债权债务进行全面检查核实；
4、合并国有企业应当在财产清查的基础上，按照国家有关规定，由法定资产评估机构对其财产进行评估，报国有资产管理部门审批确认；
5、被合并的国有企业应当根据评估确认的净资产，综合考虑国有企业职工、资产、债权债务等因素，合理核实国有企业产权转让的底价；
6、合并国有企业产权转让成交价格由主管财政机关会同国有资产管理部门确认；
7、合并交易后，合并国有企业和合并国有企业的所有者代表签署产权转让协议，包括价格支付人、付款日期等；
8、办理产权转让的清算和法律手续。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国公司法》
第一百七十三条 公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。