个税本期减除费用5000元的意思是当月个人所得税中，根据当月的应付工资扣除住房公积金、社保费等扣除项后的工资金额，减去5000元的收入后，来计算当期的个人所得税。国家税务部门对职工个人所得税扣除的规定就是：职工可以设定专项扣除后，全年6万元以内免征个人所得税。
自然人本期收入和本期免税收入区别：
1、本期收入就是工资加其他应该交个税的收入。
2、免税收入指免税部分的收入，具体如下：
（1）省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
（2）国债和国家发行的金融债券利息；
（3）按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
（4）福利费、抚恤金、救济金；
（5）保险赔款；
（6）军人的转业费、复员费、退役金；
（7）按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、基本养老金或者退休费、离休费、离休生活补助费；
（8）依照有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得；
（9）中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得；
（10）国务院规定的其他免税所得。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。