工程款纠纷进行诉讼的时效规定为三年。双方已经达成结算协议，工程款数额已经确定的，从合同履行期限届满之日计算诉讼时效。工程款纠纷诉讼时效适用2021年生效的《民法典》中关于诉讼时效的规定。
《中华人民共和国民法典》
第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。