计算合同纠纷诉讼时效的办法：一般从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起开始计算；但是同一债务被当事人约定分期履行的，从最后一期履行期限届满之日起计算。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
第一百八十九条
当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。