法律分析：在公司犯罪调查程序中，保持调查的秘密性是非常重要的。首先，公司需要制定保密制度，对调查过程中的信息、文件和证据进行保护。同时，调查人员也需要签署保密协议，保证不泄露调查内容。此外，公司也需要对外界的质疑和媒体的报道做好应对措施，保持调查过程的独立性和客观性。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十条：侦查、审判机关及其工作人员对于知悉的涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私的事项，应当予以保密。
2.《中华人民共和国公司法》第三十八条：公司应当建立内部保密制度，保障公司商业秘密的安全。
3.《中华人民共和国企业破产法》第二十七条：破产管理人应当保密破产案件的有关信息。
以上法律依据表明，保护秘密是法律所要求的，对于涉及到国家秘密、商业秘密以及个人隐私等事项，必须严格保密。在公司犯罪调查程序中，也必须遵守相关法律法规，确保调查的秘密性。