员工举报公司违法行为是合法的。根据我国劳动法的有关规定，用人单位成立后，应当依法经营生产，依法履行劳动权利义务关系，不得违法经营，也不得随意侵犯劳动者合法权益；
如用人单位存在不法行为，劳动者可向相关机构举报投诉，或向媒体公布，劳动者向媒体曝光用人单位有违法行为；
需承担举证责任，如经劳动者曝光的违法行为被查证属实的，则劳动监察部门对用人单位的具体违法情形应处以相应的处罚。
【本文关联的相关法律依据】
《劳动法》第八十九条，用人单位制定的劳动规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门给予警告，责令改正；对劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。