为了确保部门的职责和权限不会与其他部门冲突，可以采取以下措施：
1.明确部门职责和权限：在组织架构中，每个部门的职责和权限都应该明确规定，并且需要与其他部门进行协调。每个部门的工作职责和权限应该在岗位职责说明书中详细说明。
2.制定流程和标准：通过制定标准化的工作流程和标准，确保部门工作的顺畅进行。这包括流程的规范化、标准化、流转的透明化，以及制定相应的操作手册。
3.建立沟通机制：建立各部门之间的沟通机制，明确各部门之间的协调、配合和沟通方式。在部门之间建立良好的沟通平台，及时沟通工作中遇到的问题和矛盾，以共同解决问题。
4.加强协调和配合：每个部门都应该尽量避免单打独斗，而是应该通过协调和配合，共同完成工作任务。在部门之间建立工作协调机制，及时解决工作中出现的问题和矛盾，避免相互之间的冲突。
5.建立绩效考核机制：通过建立绩效考核机制，激励各部门间的协作，鼓励各部门之间相互配合，共同完成组织的工作任务。绩效考核应该公平、公正、客观，并能够反映出各部门的工作业绩。
总之，要确保部门的职责和权限不会与其他部门冲突，需要建立良好的沟通机制，加强部门之间的协调和配合，制定标准化的工作流程和标准，并建立绩效考核机制。这些措施能够有效地避免部门之间的矛盾和冲突，提高组织的工作效率和工作质量。
来源：《管理学基础》（第三版） 作者：李光辉