在处理功效系数法中可能存在的主观因素时，可以采取以下措施：
确定权重：在确定不同指标的权重时，可以采用专家打分法、层次分析法等客观方法，避免主观因素对权重的影响。
数据采集：尽可能采集大量的、客观的数据，减少主观因素对数据的影响。可以通过问卷调查、实地调研等方式获取数据。
数据处理：对采集的数据进行严格的筛选和处理，剔除可能存在的主观因素干扰的数据，确保数据的客观性和真实性。
敏感性分析：对不同的主观因素进行敏感性分析，评估其对结果的影响程度，从而找出可能存在的主观因素，并采取相应的措施加以处理。
审计与验证：定期进行功效系数法的审计与验证工作，对结果进行审查和验证，发现可能存在的主观因素并及时进行调整和修正。
案例分析：某公司在利用功效系数法进行绩效评估时，发现某部门的绩效得分较高，但经过审计发现，该部门的指标数据存在人为篡改的情况，经过调查发现是部门主管为了追求个人利益而操纵数据。公司及时进行了调整和处理，对数据进行了修正，并对相关人员进行了问责处理，确保了绩效评估的客观性和公正性。
综上所述，处理功效系数法中可能存在的主观因素，需要采取一系列措施来减少主观因素的影响，确保评估结果的客观性和准确性。