你好！着了你的描述，不在一个户口本上，要证明父子关系，可以开出证实父子关系的证明，按照公安户籍管理规定，去村或者居委开出证实父子关系证明，凭证明带上户口本到户口所在地派出所出意见，加盖派出所公章就可以了，完全没问题，祝好运！
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