发生房屋保修期纠纷且超过时效的，当事人可以提出不履行义务的抗辩，由法院审查是否具有时效中断、时效中止和时效的延长事由；涉及到不动产物权和登记而返还财产的，不受诉讼时效限制。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第一百九十二条
诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。
第一百九十六条
下列请求权不适用诉讼时效的规定：
（一）请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；
（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；
（三）请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；
（四）依法不适用诉讼时效的其他请求权。