1、性质不同。原口动物性质：由原肠胚的胚孔形成口的动物。后口动物性质：在胚胎的原肠胚期其原口形成为肛门而与之相对的后口形成嘴部的动物总称。
2、类型不同。原口动物类型：扁形动物、纽形动物、线形动物，环节动物、软体动物和节肢动物等。后口动物类型：半索动物门、毛颚动物门、棘皮动物门、脊索动物门动物均为后口动物。原口动物进化枝表现出了极高的类群和身体组织多样性，其中体组织的多样性几乎是所有类群中最丰富的。原气孔被划分为有袋动物门，其形态特征一般难以解释。由于进化迅速，传统的分子系统发育理论很难确定它们的分类地位。后口动物的胚胎发育是辐射不定型卵裂；原肠期晚期，前列腺体相对端的内外胚层紧密相连，最后穿孔成为幼虫的口，后口动物因此得名。
